Родился в с. Хомутинино Увельского района Челябинской области в 1969 году.

В 1993 году окончил Челябинский государственный технический университет по специальности инженер-электрик, в 1995 году – Международный университет (г. Москва) по специальности экономист (финансы и кредит). Имеет степень кандидата экономических наук.

С 1995 по 2009 год занимал руководящие должности на предприятиях текстильной промышленности Ивановской области (АООТ «Яковлевский лен», АООТ «Текстильная фирма «Основа», АО «Гаврилово-Посадская ткацкая фабрика», ОАО «Комбинат им. Самойлова, АО «Родники-Текстиль», «Производственная компания «Нордтекс»).

В декабре 2000 года и в декабре 2005 избирался депутатом Законодательного Собрания Ивановской области 3 созыва и Ивановской областной Думы 4 созыва. С 2004 по 2008 год являлся заместителем Председателя Ивоблдумы.

В 2007 году Евгению Нестерову присвоено звание «Почетный работник текстильной и легкой промышленности».

С ноября 2009 по март 2010 года возглавлял департамент экономического развития и торговли Ивановской области.

В мае 2010 года решением муниципального городского Совета городского округа Тейково был назначен на должность главы администрации городского округа Тейково Ивановской области, которую занимал по март 2016 года.

С июня 2016 года занимал должность начальника Департамента внутренней политики Ивановской области. С 28 ноября 2017 года – заместитель Председателя правительства Ивановской области – директор департамента внутренней политики Ивановской области.

Женат, воспитывает троих детей.